Organizacionu strukturu Fakulteta umetnosti u Nišu čine sledeći departmani: Departman za likovne umetnosti, Departman za primenjene umetnosti i Departman za muzičku umetnost. Departman za muzičku umetnost čine katedre: Teorijski predmeti, Stručno-umetnički predmeti, Solfeđo, Klavir, Komplementarni klavir, Kamerna muzika, Gudački instrumenti, Duvački instrumenti, Gitara, harmoniku, Solo pevanje i Udarački instrumenti.
Nastavne i vannastavne aktivnosti realizuju se u okviru četiri centra Fakulteta umetnosti.
Izdavački centar realizuje izdavačku delatnost Fakulteta.
Centar za naučno-istraživački rad u umetnosti na Balkanu - Balkan Art Forum (BARTF) predstavlja organizacionu jedinicu Fakulteta u okviru koje se obavlja priprema i organizovanje istraživačkog rada na polju društveno- humanističkih nauka i polju umetnosti, organizovanje domaćih i međunarodnih naučnih skupova, usavršavanje nastavnih metoda u oblasti umetnosti, prikupljanje informacija o dešavanjima u kulturi i uspostavlja moderan, efikasan, racionalan i kreativan sistem upravljanja kulturom. Centar omogućava povezanost sa srodnim institucijama u razmeni naučnih, stručnih, poslovnih i umetničkih informacija.
Centar za doživotno učenje je organizaciona jedinica Fakulteta u okviru koje se kreira i organizuje stručni, umetnički i naučni kursevi iz svih oblasti umetnosti, nauke o umetnostima i metodike, u različitom trajanju, u skladu sa Statutom Fakulteta umetnosti u Nišu; Kreiraju, akredituju i održavaju seminari za stručno usavršavanje nastavnika, u skladu sa kriterijumima Ministarstva prosvete nauke i tehnološkog razvoja i Zavoda za unapređenje vaspitanja i obrazovanja; Organizuju umetničke radionice, letnji programi, kolonije, kampovi i slične aktivnosti; Ostvaruje saradnja sa umetnicima i stručnjacima iz oblasti umetnosti, nauka o umetnostima i metodike iz Republike Srbije, regiona i sveta, radi sprovođenja zajedničkih programa doživotnog obrazovanja iz oblasti od interesa za Fakultet umetnosti u Nišu; Objavlјivanje publikacija i sprovođenje istraživanja iz oblasti doživotnog učenja, naročito o efikasnosti i svrsishodnosti doživotnog učenja, podržavanje aktivnosti studenata iz ove oblasti kao i drugi poslovi vezani za proces doživotnog učenja.
Multimedijalni centar organizovan je kao resurs savremenih servisa komunikacione i informacione tehnologije, čijom implementacijom se obezbeđuje novi kvalitet akademskom okruženju. Ovaj centar podržava akademsku zajednicu u prikupljanju i prenošenju stručnog znanja radi unapređenja obrazovanja i istraživanja u oblastima kulture, umetnosti i nauke. Raznovrsnim programima - koncertima, naučnim tribinama, scenskim, muzičkim, likovnim programima, multimedijalnim i interdisciplinarnim projektima - Centar pratiti nove tendencije u kulturi i umetnosti. Multimedijalni centar svoju delatnost obavlja u Koncertno-izložbenom prostoru u kojem postoji i Tonski studio sa savremenom opremom za snimanje i tonsku produkciju.
Računarsko-informacioni centar obezbeđuje tehničke preduslove za rad naučno-obrazovnog kadra i pruža podršku u realizaciji multimedijalnih prezentacija, video konferencija, informatičke edukacije, video streaminga i učenje na daljinu (Moodle internet platforma).
Fakultet umetnosti Univerziteta u NIšu ima akreditovane sve studijske programe koji se trenutno izvode na Fakultetu, na: - studijskim programima osnovnih akademskih studija (Muzička teorija i pedagogija, Klavir, Gudački instrumenti, Duvački instrumenti, Solo pevanje, Gitara, Harmonika, Udarački instrumenti, Slikarstvo, Grafički dizajn) i - studijskim programima master akademskih studija (Muzička teorija i pedagogija, Izvođačkee umetnosti, Slikarstvo, Grafički dizajn).
Pored svoje primarne obrazovne delatnosti, koju već više od jedne decenije uspešno obavlja u oblastima muzičke, likovne i primenjene umetnosti, Fakultet umetnosti u Nišu kao jedina visokoškolska ustanova takvog tipa u jugoistočnoj Srbiji ima i veoma značajnu umetničku delatnost. Ona se kontinuirano odvija tokom čitave godine u vidu javnih koncerata i izložbi studenata, profesora i saradnika u Koncertno-izložbenom prostoru i drugim koncertnim i izložbenim prostorima u gradu.
Ostvarena je odlična saradnja sa kulturnim ustanovama u gradu: Niškim simfonijskim orkestrom, Narodnim pozorištem, Niškim kulturnim centrom, Studentskim kulturnim centrom, Galerijom savremene likovne umetnosti i Galerijom Art55, koja doprinosi raznovrsnosti i kvalitetu gradskog kulturnog i umetničkog života. Angažovanjem nastavnika i studenata uspešno su realizovani umetnički projekti: Betovenova IX simfonija na Letnjoj pozornici u okviru proslave 1700 godina Milanskog edikta (2013), opereta Johana Štrausa "Slepi miš" (2013), koja jee izvedena i na gostovanju u Narodnom pozorištu u Beogradu i opera Đoakina Rosinija "Seviljski berberin" (2015). Na ovaj način Fakultet je izuzetno doprineo obnavljanju operske scene u Nišu. Za misiju širenja i afirmisanja visokih umetničkih vrednosti Fakultet umeetnosti dobio je 2012. godine najviše gradsko priznanje, Nagradu 11. januar. Studenti i nastavnici Fakulteta učestvovali su na brojnim domaćim i međunarodnim referentnim muzičkim takmičenjima i likovnim konkursima, gde su osvajali prestižne nagrade i priznanja. Angažovanje eminentnih umetnika svetskog renomea za gostujuće profesore, kao što je pijanista Miša Dacić (Univerzitet u Mersinu, Turska, Internacionalna pijanistička akademija Majami, SAD) i permanentno održavanje majstorskih kurseva i radionica doprinose značajnom podizanju ugleda Fakulteta u Akademskoj zajednici. Među ovim saradnicima su svetski poznati violinista Nemanja Radulović i prof. dr Dimitrije Bužarovski koji su na predog Fakulteta umetnosti postali počasni doktori Univerziteta u Nišu.
Važan aspekt obrazovne, umetničke i naučne delatnosti Fakulteta umetnosti u Nišu je međunarodna saradnja, ostvarena povezivanjem sa srodnim evropskim i svetskim univerzitetima. Fakultet je član Evropske lige obrazovnih umetničkih institucija (ELIA - Europian League of Institutes of Arts), Evropske Asocijacije Konzervatorijuma (AEC - Association Européenne des Conservatoires, Académies de Musique et Musikhochschulen) i Internacionalne konfederacije akordeonista (C.I.A. - Confederation Internationalne des Accordeonites), realizovao je projekat razmene studenata sa Univerzitetom Jork iz Engleske (2013) i projekat "Melodies of Tolerance" sa Kočeli Univerzitetom i Art Nikomedijom iz Izmita, Turska (2013) kao i izložbene aktivnosti sa Univerzitetom "Sv. Kiril i Metodij" iz Velikog Trnova, Bugarska. Odličnu saradnju Fakultet ostvaruje i sa Fakultetom za muzičku umetnost Univerziteta "SV. Kiril i Metodij" iz Skoplja, Makedonija.
Naučnoistraživačka i izdavačka delatnost
Od posebnog značaja za fakultet je i akreditacija za naučnoistraživačku delatnost (NIO). U toku je i akreditovanje novog sstudijskog programa Udarački instrumenti na osnovnim i master akademskim studijama. U planu je i osnivanje Departmana za dramske umetnosti, kao i akreditovanje specijalističkih akademskih studija.
Fakultet je organizovao ;etiri naučna simpozijuma "Balkan Art Forum" sa međunarodnim učešćem, i idejom okupljanja eminentnih domaćih i inostranih teoretičara, pedagoga, umetnika i istraživača: "Umetnost i kultura danas" (2013), "Duh vremena i problemi interpretacije" (2014), "Kriza u umetnosti- umetnost u krizi" (2015). Nastavnici i saradnici Fakulteta prisutni su na brojnim naučno-stručnim skupovima u zemlji i inostranstvu. U okviru Centra za naučnoistraživački rad u umetnosti pokrenuti su naučni projekti u saradni sa Centrom za naučnoistraživački rad SANU i Univerziteta u Nišu: Muzičko nasleđe, savremeno stvaralaštvo i obrazovanje ukusa i Tradicionlana estetska kultura. Izdavački centar Fakulteta objavljuje ediciju naučnih i stručnih pubikacija u kojoj je do sada štampano nekoliko monografija, priručnika i "Zbornik radova sa naučnog skupa BARTF 2013". U audio ediciji objavljeno je šest kompakt-diskova sa snimcima reprezentativnih dela svetske muzičke literature u interpretaciji studenata i nastavnika Fakulteta. Fakultet je izdavač umetničkog magazina "Aperto nuovo", a objavljen je i prvo broj časopisa "Artefact". U okviru međunarodnog naučnog časopisa Univerziteta u Nišu "Facta Universitatis", Fakultet umetnosti je pokrenuo ediciju "Visual Arts and Music".